De nombreuses sources de pollutions peuvent être à l'origine de risques sanitaires pour les baigneurs.

Dans les eaux littorales, les éléments polluants sont essentiellement microbiologiques d'origine fécale et proviennent de l'activité humaine ou animale. L'altération de la qualité microbiologique des eaux littorales peut entrainer des risques pour la santé, en particulier pour les populations fragiles :

• Gastro-entérites
• Affections de la sphère ORL
• Affections cutanées.

Dans les eaux douces (lacs, étangs, rivières), nous pouvons trouver 4 types de risques vis-à-vis de la baignade, le risque bactériologique évoquée plus haut qui traduit une contamination fécale, humaine ou animale,, le risque de prolifération de cyanobactéries (toxiques ou potentiellement toxiques), le risque de contamination par les animaux, notamment sauvage.

Certaines bactéries ou parasites véhiculés par certains oiseaux : cas des puces du canard causant la dermatite cercarienne